Kuruluşu 1897 yılına kadar uzanan, Kıbrıs Türkü'nün en eski ortaokulu, son ismini Lefkoşa Türk lisesinden 1960-1961 ders yılı başında ayrılarak kazanmıştır. Bu tarihte lise kısmı şimdiki binasına taşınmış, orta bölümü ise Bayraktar Ortaokulu olarak isimlendirilmiş. Halk tarafından "Bayraktar Kışlası" diye bilinen en eski lise binasında eğitim ve öğretime başlamıştır.
21 Aralık 1963 olaylarının başlaması ile okulumuz, köylerini terk edip, Lefkoşa ya gelen göçmenlere konuk evi daha sonrada kışlaya dönüşmüştür.
Kendi binasında öğretime ara veren okulumuz, bir süre sadece orta 3 sınıflar olmak üzere Haydarpaşa Ticaret Lisesi binasında (Haydarpaşa İlkokulu) kurs nitelikli eğitim vermiştir. 1964-1965 ders yılı başında ise Küçük Mehmet Binaları diye bilinen şimdiki Belediyeler Birliği binasına taşınmıştır.
Kapanan Atatürk İlkokulunun öğrencilerinin de okulumuza katılımıyla öğrenci sayısının artması üzerine çift tedrisata geçilmiş ve çok kötü koşullar içerisinde, Cumartesi ö.s dâhil olmak üzere eğitim ve öğretime devam etmiştir. Bu süre içerisinde okulumuz Limnidi ve Erenköy Ortaokullarının da merkezi eğitim görevini üstlenmiştir.
1966-1967 öğretim yılında öğrenci sayısı o denli artış göstermişti ki okulumuz, BAYRAKTAR-A,BAYRAKTAR B isimleriyle ikiye ayrılmıştı. (BAYRAKTAR ORTAOKULU- B, şimdiki Şehit Hüseyin Ruso Ortaokulunun nüvesini oluşturmuştur.) BAYRAKTAR-A eğitimine kalabalık öğrenci sayısı ve çift tedrisatla aynı köhne bina içerisinde devam etmiştir.
1977-1978 yılında öğrenci sayısının daha da artmasıyla orta 2. sınıfları ikiye bölünerek Haydarpaşa Ticaret Lisesi Binasında eğitime devam etmiştir. Yine bu yıllarda özlemini çektiğimiz esas binamızın yeniden okula dönüştürülmesi için tamirata gidilmiş, 1978-1979 yılında eğitim ve öğretimine eski binamızda başlanmıştır.
Okulumuzun surlar içerisinde olması nedeniyle bu kez de ulaşım sorunu ile karşı karşıya kalmış, bir zamanların en büyük ve en kalabalık okulu olan eğitim yuvamızda öğrenci sayısı 300 kadar düşmüştür.
Yarı yarıya boş kalan okulumuz binasının yeniden canlandırılması düşüncesiyle halk arasında fazla rağbet gören kolejleri, ikiye çıkarmaya gidilmiş ve aynı çatı altında iki ayrı statüde yeni bir okul olarak BAYRAKTAR TÜRK MAARİF KOLEJİ açılmıştır. Yeni binamıza taşınana kadar örnek bir dayanışma içinde ortaklaşa olarak birlikte eğitim ve öğretim yapılmıştır.
Her geçen yıl kolej sınıf sayısının artması yanında "KAPSAM BÖLGELERİ YASASI" ile öğrenci sayımızda yeniden artış olmaya başlamıştır. O denli ki 1988-1989 yılında bazı koridorlar dâhil dersliğe dönüştürülmüştür. Bu sırada Göçmenköy’deki binamızın inşaatı devam etmekteydi. Ders yılı başlangıcında tamamlanamayan odaların yarıyıl tatilinden sonra bitirilmesiyle 1. Sınıfları bir Müdür Yardımcısının yönetiminde yeni binamıza taşıyıp bir kez daha ikiye bölünmüşlüğün buruk acısını daha yaşadık.
1989-1990 Ders yılı başında ise tüm okul acil gereksinimlerini taşımak koşulu ile henüz yeterli olmayan yeni binamıza taşınmıştır. Bitmeyen gereksinimlerin olmasına karşı yeni binada eğitim yapmanın mutluluğunu yaşadık.
1990-2016 yılına kadar eğitimimize aynı binada devam ettik ancak binanın temelinde çökmeler olmasından dolayı Hala Sultan İlahiyat Kolejinde eğitimimize devam etmek zorunda kaldık.
19 Nisan 2017 tarihinde geleceğin okulu olma yolunda büyük uğraşlarla inşa edilen modern, çağdaş yapıdaki binamıza taşındık.
Mutluyuz, içinde bulunduğumuz ders yılında okulumuzun bir idare binası, iki bilgisayar odası, rehber odası, iki çok amaçlı Teknoloji ve Tasarım Atölyesi, Depo, Spor Odası, bir Fen ve Teknoloji laboratuarı, resim, müzik, özel eğitim, iki soyunma odası, kütüphane ve bunların yanında öğrencilerimizin eğitim gördüğü 24 dersliğimiz ve bir kafeteryamız mevcuttur.
Okulumuzda Başkent Lefkoşa ve çeşitli köylerden gelen 541 öğrencimiz eğitim ve öğretim görmektedir. Okulumuzun misyonu öğretmen, öğrenci ve diğer çalışanlarına mutlu ve huzurlu bir eğitim-öğretim ortamı yaratmaktır. Böyle bir ortamda kendisine ve ülkesine yararlı, düşünen,sorgulayan,yüreği insan sevgisiyle dolu, çağdaş beyinler yetiştirme hedefindeyiz.
